Clannad nos cuenta la historia de Tomoya Okazaki, un estudiante de tercer año de secundaria al que la suerte, desgraciadamente, no le sonríe: su madre murió cuando era joven, dejando así su custodia a Naoyuki, su padre, quien, al verse afectado por esta trágica pérdida, queda hundido en el juego y el alcohol. La relación entre padre-hijo se complica hasta el punto en que Tomoya decide frecuentar su casa lo menos posible.

Cuando se dirige a su escuela, conoce a Nagisa Furukawa, una estudiante que cursa el tercer año de secundaria, al igual que él. Desde aquí las cosas empiezan a cambiar mucho para él. Empieza una amistad entre los dos, gracias a ello hacen muchos nuevos amigos a los cuales les ayudaran con sus problemas y como alcanzar los sueños de cada uno.
PERO SIGUE AHI UNA PELICULA DE ESTE ANIME DONDE MUERE NAGISA AL TENER A SU HIJA USHIO AHI ALGO AUN MAS TRISTE USHIO AL IGUAL QUE NAGISA MUERE ESTE VIDEO LO MUESTRA TODO ESPERO LO VEAN ES DEMASIADO TRISTE :(

* Tomoya Okazaki (岡崎 朋也, ''Tomoya Okazaki''?); seiyū: Yūichi Nakamura (serie), Kenji Nojima (película). Protagonista de la serie. Un chico que llega tarde a la escuela, se salta varias clases paseando por el campus, permanece en la calle toda la noche, dejándose conocer como un delincuente, cosa que para él, al parecer, le tiene sin cuidado. Su madre, Atsuko, falleció en un accidente de coche cuando él era joven, lo cual lo dejó en la soledad. Tomoya ha estado viviendo con su padre, Naoyuki, pero discute con él constantemente ya que su padre debido a haber perdido a su mujer dejó el trabajo y se convirtió en un vago, causa de que no vaya a su casa. Quedó discapacitado del hombro derecho después de una pelea con su padre tres años atrás, causando así el odio hacia éste, teniendo impedido el jugar baloncesto, su deporte preferido. A pesar de todos sus problemas personales, se caracteriza por ser un chico amable que incluso ayuda a sus nuevas amigas a alcanzar sus sueños y metas. Se le declara a Nagisa al final de la temporada.
* Nagisa Furukawa (古河 渚, ''Nagisa Furukawa''?); seiyū: Mai Nakahara. Protagonista de la serie. Aunque ella está en su tercer año en la secundaria superior, Nagisa es un año mayor que Tomoya, y tuvo que repetir el grado después de una enfermedad que duró varios meses. Conoce a Tomoya durante su camino a la escuela. Ella tiene un hábito extraño de murmurar los nombres del alimento que ella planea comer, tal como anpan y comienza a hablar creyendo que está sola. Tomoya, que está a su lado, la escucha y le contesta, comenzando así una amistad. Ella desea restablecer el club de teatro, aunque no tiene mucha confianza en sí misma. Tiene una pequeña obsesión con un antiguo programa llamado "Gran familia Dango" y canta constantemente su canción. Al final de la temporada comienza a salir con Tomoya.

* Kyō Fujibayashi (藤林 杏, ''Kyō Fujibayashi''?); seiyū: Ryō Hirohashi. Es una chica extrovertida y agresiva conocida por ser buena cocinera. Ella estaba en la clase de Tomoya en su segundo año, y ha mantenido una amistad constante con él aunque no estén en la misma clase. Ella es actualmente el representante de su clase. Tiene un pequeño jabalí como mascota llamado Button (ボタン, Botan?, del ing. Botón).Esta enamorada de tomoya.

* Ryō Fujibayashi (藤林 亮, ''Ryō Fujibayashi''?); Es una chica al contrario de su hermana gemela Kyō introvertida y pasiva conocida por ser mala cocinera, pero buena en el adivinar el futuro mediante la lectura de las cartas. Ella está en la clase de Tomoya en este año, y se ha fijado en él como un amor platónico; aunque estén en la misma clase, no es capaz de confesarle abiertamente sus sentimientos, y es ayudada en ello por su hermana. Ella es actualmente el representante de clase.

* Kotomi Ichinose (一ノ瀬 ことみ, ''Kotomi Ichinose''?); seiyū: Mamiko Noto (serie). Cursa el mismo año que Tomoya, pero, como Kyō, en otra clase que la de él. Está entre los diez mejores alumnos de su edad en todo el país, no acostumbra entrar a las clases, prefiriendo permanecer en la biblioteca y leer varios libros al día. Es una muchacha muy reservada y es absolutamente difícil comunicarse con ella. En su tiempo libre, toca el violín (no siendo muy hábil). Se ve que está interesada en Tomoya.

* Tomoyo Sakagami (坂上 智代, ''Tomoyo Sakagami''?); seiyū: Hōko Kuwashima. Fue transferida a la escuela donde está Tomoya y cursa el segundo año. Al inicio se rumorea que es una chica violenta y de mala conducta. Estos rumores se confirman más adelante cuando ella vence a varios estudiantes de su escuela anterior cuando fueron a la actual. Su estilo de lucha parece provenir de entrenamiento en artes marciales. Aunque Tomoya es mayor que ella, no muestra respeto hacia él. Tiene un hermano menor llamado Takafumi (鷹文, Takafumi?). Se interesa en tomoya, pero se olvida de el, al ver que el quiere a Nagisa.

* Fūko Ibuki (伊吹 風子, ''Fūko Ibuki''?); seiyū: Ai Nonaka (serie). Es la aparición del alter-ego de una estudiante de primer año en la escuela de Tomoya, que dos o tres años antes sufre un accidente y queda en estado de coma, es la hermana menor de una de las anteriores maestras de Nagisa, exactamente es la hermana de Kouko Ibuki. Siempre está sola, y se le encuentra haciendo estrellas de mar de madera con un cuchillo pequeño para entregar a los alumnos de la escuela como presentes. Ella regala estas estrellas para que los alumnos vayan al matrimonio de su hermana mayor Ibuki-sensei. Esta manía drena su concentración y conocimiento de lo que se encuentra a su alrededor.